Adems de la experiencia de juego en s, Yu-Gi-Oh! Master Duel ha sido diseado teniendo en cuenta la monetizacin. Si bien es posible jugar y progresar en el juego sin gastar dinero, existen opciones de compra dentro del juego para aquellos que deseen acelerar su progreso o desbloquear cartas especiales. Sin embargo, estas compras no son necesarias para disfrutar plenamente del juego, y no afectan negativamente la experiencia de juego de los jugadores que opten por no realizar compras.