En estos momentos en los que Adobe ha sacado su versin 9, en la que se pueden incrustar vdeos y flash, he optado por Captivate 4.0 de Adobe. Me permite incorporar swf, flv, trasladar powerpoints, capturar pantallas.
Su resultado es exportable a un ejecutable (Muy seguro en Presentaciones en otros apartatos) o a un swf flash.
Creo que puede evitar las carencias que comentais.