El registro de arranque principal tiene algunas desventajas, como la falta de mecanismos para la resolucin de problemas (por ejemplo, si el MBR se corrompe), las restricciones en el tamao del disco duro o la manipulacin de las particiones. De este modo, solo se admiten las particiones MBR con una capacidad de almacenamiento de hasta 2 TB. En su forma original, el esquema de particiones clsico solo puede manejar 4 particiones.