O MTProto suporta duas camadas de criptografia: criptografia cliente-servidor para conversas na nuvem e criptografia de ponta a ponta para Conversas Secretas (isso inclui chamadas de voz e vdeo). Essa criptografia avanada garante a privacidade e a confidencialidade das conversas, com o Perfect Forward Secrecy implementado em Conversas Secretas.