En S.T.A.L.K.E.R: Call of Pripyat, los Mercenarios son empleados para investigar los laboratorios que hay bajo Pripyat. Al principio son neutrales hacia el jugador, sin embargo el grupo de Chacal en Yanov, Crneo y Negro, se convertirn automticamente en hostiles luego de tomar los documentos de la Central de Jpiter para los Ecologistas.