S, los archivos .pyd son archivos dll, pero hay algunas diferencias. Si tiene una DLL llamada foo.pyd, debe tener una funcin PyInit_foo(). Luego puede escribir en Python import foo y Python buscar el archivo foo.pyd (as como foo.py y foo.pyc); si lo encuentra, intentar llamar a PyInit_foo() para inicializarlo. No vincules tu .exe con foo.lib porque en este caso Windows necesitar la DLL.