En el mtodo basado en BAC, se hace un "mapeo" de cada clon BAC para determinar el lugar de donde proviene el ADN del genoma humano en los clones BAC. El uso de este enfoque garantiza que los cientficos puedan conocer la ubicacin exacta de las letras del ADN que son secuenciadas en cada clon y su relacin espacial con el ADN humano secuenciado en otros clones BAC.