La generacin automtica se define como la utilizacin de algoritmos informticos para la creacin de referencias cruzadas entre conceptos o trminos. A menudo se incorporan al sistema automtico referencias cruzadas lxicas, en las cuales la estructura de las palabras del trmino mdico se compara y analiza para determinar si son iguales, similares o diferentes. Se debe proceder con especial cautela con las referencias cruzadas automticas porque pueden producirse errores severos si no se llevan a cabo en forma controlada. Con la generacin automtica de referencias cruzadas, junto con la revisin humana (y revisin manual en los casos necesarios) probablemente se obtengan mejores resultados que con la generacin automtica sola.