Solucin:
Al alimentarlo por el USB lo alimentas a 5v y con todos los amperios que ese puerto pueda dar(*) , en mi portatil, por ejemplo, tengo uno especial que soporta 2,5A protegido con desconexin y me avisa el windows.
Al alimentarlo por el vin los 12V entran en juego las regulaciones internas del mega y este solo te aguanta unos 0,5A , seguramente al activar el motor superas esos 0,5A , (sobre todo en el arranque), y todo el sistema se te viene abajo.