Algunas herramientas multiplataforma se crearon suponiendo que el entorno en el que se ejecutan se comporta como Linux. Por ejemplo, algunas herramientas suponen que pueden obtener acceso a rutas de acceso de archivos muy largas o que existen archivos o carpetas especficos. Esto suele provocar problemas en Windows, que a menudo se comporta de forma diferente de Linux.