El emulador permite la emulacin de los videojuegos con la ayuda de los plugins externos (los plugins se separan en cuatro tipos: plugin de video, audio, control y RSP). Project64 se ejecuta especialmente con una buena rapidez en computadoras basadas en Intel/AMD, especialmente a travs de su compilador en tiempo de ejecucin que analiza la ROM cargada y traduce las instrucciones conocidas para que sean funcionalmente similares a x86 inmediatamente cuando la ROM es cargada. Esto contrasta con su intrprete, que interpreta cada instruccin en el momento en que los recibe.Aunque a veces se producen excepciones fatales, Project64 comnmente puede interceptar errores de plugin sin que la emulacin se congele. El plugin de video Jabo's Direct3D utiliza un controlador de excepciones justo a tiempo que rectifica los problemas mediante la revisin de muchas soluciones comunes para dichas excepciones y, a menudo, la reposicin de datos que han sido daados.