Otro hndicap importante es que, dependiendo de los sistemas que copiemos, es posible que sea complicado hacer que todos ellos convivan en paz y sin problemas. Alguna configuracin puede afectar a otro sistema copiado dentro del pendrive y hacer que las cosas no funcionen. Lo mismo ocurre con el gestor de arranque, que una mala configuracin o actualizacin del mismo puede dejar entradas invlidas o hacer que algunos sistemas no correspondan con el que apuntan.