La fuente de donde se obtiene el agua de uso agrcola est muy asociada con el potencial de poder contaminarse. El agua superficial tiene el mayor nivel de riesgo ya que es un recurso compartido que puede estar sujeto a la contaminacin repentina e inesperada a partir de eventos de intrusin de animales, escurrimientos de estircol de operaciones de ganado adyacentes o la descarga de tanques spticos de aguas residuales. El agua subterrnea es considerada ms segura, aunque los pozos poco profundos, mal construidos o mal ubicados podran estar sujetos a la contaminacin con agua superficial por escurrimientos o inundaciones. El suministro de agua pblico es la fuente ms segura de las tres ya que es monitoreada regular y usualmente es tratada para eliminar las bacterias dainas. Los mtodos de aplicacin indirecta de agua, como los sistemas de goteo, son considerados los de menor riesgo de contaminacin de los productos agrcolas frescos, ya que de este modo es poco probable que el agua tenga contacto con la parte cosechable del cultivo. Por otro lado, los sistemas de riego areo son los de mayor riesgo ya que el agua muy probablemente tendr contacto con la parte cosechable del cultivo.