La historia comienza con el profesor Layton, un autntico caballero ingls y famoso arquelogo, conduciendo hacia la remota poblacin de Saint-Mystre con su aprendiz, Luke, en respuesta a la peticin de la viuda de un rico barn.
El testamento del barn indica que el tesoro de la familia, la Manzana Dorada, est escondido en algn lugar de la villa, y que quien la encuentre heredar todas las posesiones del barn.
El profesor y Luke deben registrar la villa en busca de pistas que lleven a esa valiosa reliquia.