Esto se suele a una mala configuracin de los comandos de compilacin del geany (10% de la veces) o un problema del geany con el UAC, control de cuentas de usuarios de windows(90% de las veces). Prueba a guardar el archivo en una carpeta publica. Estas carpetas se encuentran en C:\User\Acceso Publico. Luego prueba a compilar. Si te compila los archivo guardados en el acceso publico, entonces el geany tiene problema con el UAC. Prueba a desactivar el UAC y haber asi si se soluciona.