Metal Gear Solid profundiza en la historia de los juegos anteriores y revela que Solid Snake es un clon gentico de Big Boss, creado como parte de un proyecto secreto del gobierno llamado Les Enfants Terribles. Un nuevo antagonista aparece llamado Liquid Snake, hermano mellizo de Solid Snake, que toma el control de la unidad FOXHOUND despus del retiro de este ltimo. Liquid junto a FOXHOUND toman el control de una instalacin de almacenamiento de armas nucleares en una isla en Alaska y comandan REX, la nueva plataforma de armas Metal Gear de prxima generacin que se est probando en el lugar. Ellos amenazan con detonar una cabeza nuclear de REX a menos que el gobierno de los Estados Unidos entregue los restos de Big Boss. Solid Snake destruye el Metal Gear REX y mata a cada uno de los renegados miembros de FOXHOUND, con excepcin de Revolver Ocelot.