El principal mtodo utilizado por el PGH para producir la versin final del cdigo gentico humano se basa en un mapa, o en una secuencia basada en BAC, que es el acrnimo en ingls de "cromosoma artificial bacteriano". El ADN humano es fragmentado en piezas relativamente grandes pero de un tamao manejable (entre 150.000 y 200.000 pares de bases). Los fragmentos son clonados en bacterias, las cuales almacenan y replican el ADN humano para que as pueda ser preparado en cantidades lo suficientemente grandes como para secuenciarlo. Si se los escoge cuidadosamente para minimizar las superposiciones, se necesita unos 20.000 clones BAC diferentes para abarcar los 3.000 millones de pares de bases del genoma humano. A la coleccin de clones BAC que contienen todo el genoma humano se la denomina una "biblioteca BAC".