Hola. Me ha pasado igual, pero yo lo he arreglado (o tal vez era la causa del problema) poniendo una secuencia en Serie factura emitida, en Configuracin y luego manteniendo ese prefijo en el nombre de la factura.
Si no tocas el campo, en Configuracin sale, creo, la cadena Emit-, as que o se cambia ese prefijo o cuando se pone el n de factura se respeta ese prefijo.
Al menos eso me ha pasado a mi 😉