Clone Hero apresenta uma jogabilidade praticamente idntica de Guitar Hero. Mais especificamente, o jogo similar s edies posteriores da srie, como World Tour e Warriors of Rock, usando os recursos de GUI desses jogos.[2] A jogabilidade consiste em acertar notas coloridas em um controle em formato de guitarra ou bateria, tocando em sincronia com as msicas; embora no Clone Hero essas entradas possam ser mapeadas a um teclado ou qualquer outro dispositivo, como gamepads.[3] Ao contrrio da srie Guitar Hero, por padro, no h penalidade ao errar notas, alm de quebrar o combo, impossibilitando que o usurio falhe na msica, embora haja a opo de reabilit-la.