Para la secuenciacin, se corta a cada clon BAC en fragmentos todava ms pequeos que tienen una longitud de cerca de 2.000 bases. Estas piezas se denominan "subclones". En estos subclones se lleva a cabo una "reaccin en secuencia". Despus, los productos de la reaccin en secuencia son introducidos en la mquina secuenciadora (secuenciador). El secuenciador genera de 500 a 800 pares de bases de A, T, C y G en cada reaccin en secuencia, por lo que cada bases es secuenciada unas diez veces. Luego una computadora juntas estas secuencias cortas para formar tramos continuos de secuencia que representan el ADN humano en el clon BAC.