MS-DOS 3.0 tambin incorpor soporte a disquetes de alta densidad de 5,25 pulgadas (1,2 megabytes de capacidad), con 15 sectores por pista, y en consecuencia, ms espacio para FAT. Esto probablemente forz una dudosa optimizacin del tamao del clster, que baj de dos sectores a solo uno. El efecto global fue una reduccin significativa de los tiempos de lectura y escritura frente a los disquetes de doble densidad.