La marca de agua digital incrusta un mensaje secreto en la imagen (el trmino tcnico es esteganografa). Este mensaje es binario y puede ser descodificado por un ordenador.
Esta es la segunda gran diferencia con las marcas de agua visibles, destinadas a lectores humanos. Este cdigo puede ser nico (ID de contenido) para ayudar a identificar diferentes copias de una misma imagen.