Em 2016, porm, a onda de ocupaes estudantis em escolas pblicas em 23 estados e no Distrito Federal fez o Ministrio da Educao adiar a aplicao do Enem para mais de 270 mil candidatos, o que inviabilizaria uma segunda aplicao durante a semana. Por isso, o Enem 2016 teve duas aplicaes. Na poca, o Ministrio da Educao (MEC) assegurou que haveria isonomia nas avaliaes dos candidatos independentemente do momento em que fizessem as provas.