L'minent archologue et professeur Hershel Layton, accompagn de son fidle assistant Luke Triton, se rendent au village de Saint Mystre sur la demande de Lady Dahlia Reinhold, veuve du Baron Augustus Reinhold. Elle les somme de rsoudre le mystre de la Pomme d'Or, hritage laiss par son dfunt mari. Le Baron dcida, dans ses dernires volonts, que quiconque rsoudrait ce mystre hriterait de tout ce qu'il possdait. Personne au village ne sait ce qu'est la Pomme d'Or, et le Professeur et Luke devront le dcouvrir.