Desde la versin nmero 10.6.5, el estndar exFAT tambin es totalmente compatible con sistemas de Apple. De este modo, aumenta la compatibilidad entre los ordenadores Mac y los que no lo son y se facilita, por lo tanto, la transmisin de archivos. El funcionamiento del formato en sistemas operativos Linux dej mucho que desear durante mucho tiempo, pero gracias a soluciones basadas en drivers de empresas como Samsung, el problema ha podido atenuarse. En la distribucin de Linux Ubuntu, exFAT est incluido en el paquete oficial de fuentes desde la versin 12.04.