El lago tambin sirve como refugio para aves migratorias como pelcanos y garzas. Es el hogar del 2 por ciento de la diversidad biolgica del mundo: alrededor de 1700 especies de plantas, 57 especies de reptiles, 320 especies de aves, 70 especies de mamferos y 20 especies de anfibios. Ms de 250 de estas especies son endmicas, incluido el ajolote. Esta salamandra es un cono cultural tan grande entre los mexicanos que el Banco de Mxico la imprimi en el billete de 50 pesos de la nacin.