Prinzipiell sollte der Benutzer selbst entscheiden knnen, welcher Dateimanager bevorzugt eingesetzt werden soll. Allerdings gibt es in der Praxis immer wieder Probleme, den Standard-Dateimanager zu ersetzen. Das hngt u.a. damit zusammen, dass die Programme Nautilus, Thunar und PCManFM innerhalb ihrer Desktop-Umgebungen intern auch zur Verwaltung des Desktops (auch wenn diese Funktion in Nautilus teilweise abgeschaltet ist) und zur Verwaltung von Wechseldatentrgern eingesetzt werden.