Pero si se ejecutan desde un terminal o haciendo doble clic sobre los ficheros, entonces s que hay diferencias. Los archivos .py son ejecutados por python.exe, mientras que los archivos .pyw son ejecutados por pythonw.exe. La principal diferencia es que python.exe crea una ventana de terminal (o aprovecha la ventana de terminal desde la que se ejecuta el programa), ventana que permite pedir valores al usuario o imprimir mensajes, mientras que pythonw.exe no crea ninguna ventana de terminal.