Posiblemente la mayor crtica hacia el Kindle es su incompatibilidad con algunos formatos, especialmente el universalmente aceptado formato EPUB, pero es posible convertir este formato (entre otros) a formatos compatibles con Kindle como MOBI o AZW sin que el texto, imgenes, fuentes o calidad del archivo original discrepe. Para ello se puede usar una gama de software de cdigo abierto como: