El segundo with vuelve a abrirlos para escritura ("w"), y seguidamente itera por las dos listas a la vez (la funcin zip() sirve para juntar varias listas en un solo bucle de iteracin). En cada iteracin del bucle w tendr un elemento de la lista words y a tendr un elemento de la lista associations. Se comparan estos valores con los que se quieren eliminar (el .rstrip() es para quitar el retorno de carro y posibles espacios al final de la lnea) y si ambos coinciden se ejecuta continue que hace que se salte a la siguiente iteracin del bucle (por lo que los write() no llegan a ejecutarse para ese par de palabras.