Tras haber pasado a la liguilla y ya con Vctor Manuel Vucetich en el banquillo, Monterrey se encontraba en el quinto lugar de los 8 equipos ya clasificados. Su primer rival sera el equipo de las guilas del Club Amrica, en donde en el global terminara en un 2-1 siendo el Monterrey quien pasara a la siguiente ronda, siendo que en el partido de ida rayados ganara con un gol de Aldo de Nigris que sera el jugador ms inspirado ya que su hermano Antonio de Nigris haba fallecido en Grecia por un problema cardiaco. El partido de vuelta Rayados caa 1-0 frente al Amrica pero 10 minutos antes de acabar el partido Humberto Suazo anotara el 1-1 y el pase a las semifinales dejando a las guilas fuera del torneo. Estando en la semifinal, el Monterrey jugara contra los diablos rojos del Club Deportivo Toluca, quienes haban ganado la final contra rayados en el Torneo Apertura 2005; Monterrey saldra a ganarles con dos goles de ida, y un empate de uno a uno de regreso, dejando el global con 3-1.