Le jeu est essentiellement une collection d'nigmes et de casse-ttes spars par des phases d'exploration. Ces nigmes ne sont pas directement lies l'intrigue, mais il faudra en rsoudre un certain nombre pour pouvoir progresser. Il existe un systme d'indices pour aider la rsolution des nigmes, qui cote l'utilisation de "pices SOS" qui peuvent tre trouves dans le dcor en quantit limite. Au dbut du jeu, le joueur commence avec dix pices SOS. Toutes les nigmes ont t cres pour la srie par Akira Tago, clbre pour sa srie succs Mental Gymnastics. L'trange village compte 135 nigmes et la Bote de Pandore en compte 153. Les picarats, reus grce la rsolution d'nigmes, offrent diffrents contenus supplmentaires du jeu.