Al final de la Saga Mega Man X, Zero se dio cuenta que llevaba el Virus Sigma en su interior todo este tiempo y que incluso podra seguir propagndolo por todo el mundo durante sus misiones como Maverick Hunter. Pensando que el mundo no estara seguro mientras l siguiera activo, Zero se intern en un instituto de investigacin para deshacerse del virus que llevaba dentro. Al mismo tiempo, se inici un proyecto para investigar el cuerpo de Zero, ya que se haba descubierto durante la crisis de Eurasia que Zero reaccionaba positivamente al virus Sigma, y por lo tanto podra poseer anti-cuerpos contra la infeccin.