Los genes que provocan la hendidura son heredados de la madre o del padre, ya sea solos o como parte de un sndrome gentico que comprende el labio leporino o la hendidura del paladar como uno de los signos. En algunos casos, los bebs heredan un gen que aumenta la probabilidad de desarrollar una hendidura, y un detonante ambiental hace que la hendidura efectivamente se manifieste.