Windows Defender (Beta 2) fue lanzado el 13 de febrero de 2006. Incluy el nuevo nombre del programa y un nuevo diseo de interfaz de usuario. El motor principal fue reescrito en C++, a diferencia del original desarrollado en GIANT, que fue escrito en Visual Basic. Esto mejora el rendimiento de la aplicacin. Tambin, desde la versin beta 2, el programa funciona como un servicio de Windows, a diferencia de versiones anteriores, que permite a la aplicacin de proteger el equipo, incluso cuando un usuario no ha iniciado sesin. La aplicacin de Windows Defender es tcnicamente una interfaz con el servicio, que tambin tiene el mismo nombre. Beta 2 tambin requiere la validacin de Windows original. Sin embargo, Windows Defender (Beta 2) no contena algunas de las herramientas de Microsoft AntiSpyware (Beta 1). Microsoft eliminado las herramientas de sistema inoculacin, Secure Shredder y Explorador de sistema de MSAS (Beta 1), as como la herramienta Borrador de pistas, que permita que los usuarios eliminar fcilmente muchos tipos diferentes de archivos temporales relacionados con Internet Explorer 6, incluyendo cookies, archivos temporales de Internet y el historial de reproduccin del Reproductor de Windows Media.