En 1987 apareci lo que hoy se conoce como el formato FAT 16. Se elimin el contador de sectores de 16 bits. El tamao de la particin ahora estaba limitado por la cuenta de sectores por clster, que era de 8 bits. Esto obligaba a usar clusters de 32 KiB con los usuales 512 bytes por sector. As que el lmite definitivo de FAT16 se situ en los 4 (2GiB por clster) GiB.