La mayor parte de la particin pertenece al rea de almacenamiento de datos que se divide en clsteres. Un clster consta de sectores adyacentes y se utiliza como una unidad mnima para la asignacin de archivos. Su tamao es fijo, pero puede variar entre 512 bytes y 64 kilobytes, segn el tamao del volumen y la versin de FAT. Un archivo, independientemente de lo pequeo que sea, ocupa todo el clster, y el espacio desocupado restante se desperdicia. Cuando se requieren varios clsteres para almacenar un archivo, pueden asignarse en una cadena consecutiva o de manera dispersa por todo el volumen, lo que provoca la fragmentacin del archivo.