En mi esquema veo todos los GND unidos, lo estan a traves de los GND del Mega, en cuanto a lo de colgar el de 5v a 3'3 del de 12V a 5 lo que ocurre es que este ultimo tiene que soportar lo que consuman los dispositivos 5V mas lo que consuman los de 3'3 y como no se lo que consumiran en conjunto por eso he preferido que cada palo aguante su vela