El corsario-pirata ingls Francis Drake quem en 1586 San Agustn cuando ya estaba erigida la iglesia parroquial y el ayuntamiento, que se tuvieron que reconstruir. En 1587 se haban fundado los pueblos de Tolomato, Topiqui, Nombre de Dios, San Sebastin, San Antonio, San Pedro y San Juan. En 1588 se intent restablecer la misin de Ajacn. A mediados de septiembre de 1597 fueron martirizados cinco frailes, pero siete aos despus ya reinaba la normalidad, dando comienzo una poca de llamativo xito misionero y convirtindose por doquier pueblos enteros de indgenas.