Cuando este se encuentra, se produce una reaccin en cadena segn el principio chain loading. El sector de arranque identificado de la particin direccionada se integra operativamente y el bootloader de la particin toma el control en la memoria principal. Despus, se ejecutan procesos y rutinas ms extensos que se encargan de la puesta en marcha real del sistema operativo. Como el propio bootloader de la particin realiza tareas ms complejas, suele ser ms grande que el programa de arranque del MBR.